暗闇に声が反響する。伸ばした手が触れたのは記憶にあるのと同じ感触だった。『君と世界が終わる日に』（日本テレビ系）第6話で、暗闇の先にあったのは目を背けたくなるような真実だった（以下、ネタバレを含む）。

　横浜を目指して封鎖ゲートにたどり着いた響（竹内涼真）たち。そこで目にしたのはゴーレムの大群だった。ウイルスはすでに封鎖区域の外に広がっており、一行はこれ以上進むことを断念。結月（横溝菜帆）に飲ませる喘息の薬を探して、響は猿ノ島で再会した刀集団の坪井（小久保寿人）たちと横須賀駐屯地の地下に潜入する。

　『君と世界が終わる日に』には、いくつかの明かされていない「謎」がある。ウイルスはどこから来たのか？　響がトンネル事故から脱出するまでの数日間に何があったのか？　なぜ響たちは自衛隊から攻撃されたのか？　響の父・拓郎（小市慢太郎）はどこで何をしているのか？　それらの謎を解く鍵を握っているのが、日韓新興感染症対策機構を率いる首藤（滝藤賢一）だ。

　ゴーレムウイルスの脅威から人類を救おうとする首藤に、裏の顔があることは折に触れて示唆されてきた。Season1の折り返しに当たる第6話では、いよいよその魂胆が明かされる。謎の男・御前崎（宇野祥平）が「あの男は狂気に取りつかれている」と言うように、首藤はゴーレム化した牛込（神保悟志）に響を襲わせる。首藤は意図的にゴーレムを生み出しているようで、その方法は、直接ゴーレムに噛みつかせるか、ゴーレムウイルスを注射するかのいずれかであると思われる。

　ワクチン開発に心血を注ぐ首藤は、特別な遺伝子を持つ来美（中条あやみ）を被検体として利用する。響たちが自衛隊から発砲されたのは、来美に近づかせないためだと思っていたが、それだけでなく「近しい別の女性」から遠ざけるという目的もあった。その女性は、16年前に病死した響の母・琴子（臼田あさ美）で、機構の地下でゴーレムになって捕えられていた。